Desa Margoyoso pada awalnya daerah yang terisolir. Ketika Penjajah Belanda membangun jalan yang menghubungkan Magelang dan Purworejo, daerah Margoyoso menjadi pilihan utama untuk menembus perbukitan Menoreh dan perbukitan kaki Gunung Sumbing yang begitu terjal. Dari dasar itulah nama Margoyoso terbentuk, Margo (jalan) Yoso (Usaha). Daerah Margoyoso kemudian berkembang karena pembukaan akses jalan tersebut. Jalan Raya yang melalui desa Margoyoso termasuk Jalan Provinsi dibawah Pengawasan Dinas Bina Marga Provinsi Jawa Tengah.
Adapun Kepala Desa yang pernah menjabat :
• Kepala Desa I : Truno Sentiko/ Kasan Dimejo – 1873
• Kepala Desa II : Asmorejo 1873 – 1924
• Kepala Desa III : Asmosenjoyo 1924 – 1944
• Kepala Desa IV : Barkoen Karso Soediro 1945 – 1988
• Kepala Desa V : Madjudin 1989 – 1999
• Kepala Desa VI : Jawadin 1999 – 2007
• Kepala Desa VII : Suroso Singgih Pratomo,SH 2007 – 2013
• Kepala Desa VIII : Muhamad Rofiq Santoso, A.Ma 2014 – 2018
• Kepala Desa IX : Adi Daya Perdana, A.Md 2020 – .........
Kebenaran dan kelengkapan tentang sejarah desa Margoyoso masih terus dicari